Mancando ogni dimostrazione circa l'effettiva esistenza sia dell'energia cosmica sia dei meridiani, e non essendoci prove a sostegno dello squilibrio energetico che determinerebbe la condizione patologica, la scienza cerca altrove una spiegazione ai meccanismi secondo cui agisce questa pratica.
Per quanto riguarda l'effetto analgesico, la stimolazione con gli aghi provocherebbe la liberazione di endorfine da parte del sistema nervoso centrale. Essendo le endorfine degli antidolorifici naturali, una volta prodotti essi riducono la percezione del dolore.
E' lo stesso meccanismo che entrerebbe in gioco nell'omeopatia, nell'ipnosi e nell'effetto placebo.
Le stesse endorfine potrebbero anche spiegare il meccanismo d'azione dell'agopuntura in patologie non caratterizzate necessariamente dal dolore. Infatti, esse –possono influenzare diverse funzioni viscerali, sollecitando modificazioni endocrine, immunitarie, digestive, cardiocircolatorie, ecc.