I compiti della Commissione attengono alla gestione e all'aggiornamento del PTR che comprende farmaci di comprovata efficacia e, a parità di efficacia, i farmaci con un un costo favorevole, al monitoraggio dei Prontuari Terapeutici Provinciali, alla verifica e il controllo dell'appropriatezza prescrittiva di determinati farmaci, alla formazione e allo sviluppo di un'informazione indipendente rispetto all’efficacia dei medicinali e, infine, all'elaborazione di linee guida sull'uso corretto dei farmaci e alla segnalazione di usi impropri.
Nella prima fase di avvio delle sue attività la Commissione si è occupata di promuovere la diffusione e la verifica del Ptr e di supportare le attività delle Commissioni provinciali per l’elaborazione e l'adozione dei Prontuari terapeutici provinciali.